Tư Mã Đức Tông là con trai cả của Hiếu Vũ Đế, mẹ là tì thiếp Trần Quy Nữ. Người ta không biết khi nào căn bệnh thiểu năng trí tuệ của Tư Mã Đức Tông được phát hiện, song có khả năng là từ rất sớm trong thời thơ ấu của ông, mức độ khuyết tật, theo các sử gia là rất lớn. Khi ông mới tám tuổi, tức năm 390, mẹ ông cũng qua đời. Mặc dù ông có một người em trai, Tư Mã Đức Văn, cũng do Trần Quy Nữ hạ sinh, người này được mô tả là thông minh và thận trọng, và đã học cách chăm sóc người anh, song không rõ vì lý do gì, Hiếu Vũ Đế chưa bao giờ xem xét một cách nghiêm túc việc để cho Đức Văn kế vị, và vào năm 387, Tư Mã Đức Tông trở thành thái tử. Năm 395, ông đến sống ở đông cung theo như phong tục dành cho thái tử. Năm 396, ông kết hôn với con gái của viên quan Vương Hiến Chi (王献之) là Vương Thần Ái.

Năm 397, Hiếu Vũ Đế bị Trương quý nhân giết chết sau khi bà ta bị hoàng đế xúc phạm. Tuy nhiên, với việc người em trai duy nhất của Hoàng đế là Hội Kê vương Tư Mã Đạo Tử bất tài và Thái tử Đức Tông phát triển chướng ngại, đã không có cuộc điều tra nào được tiến hành về cái chết của Hiếu Vũ Đế. Thái tử Đức Tông kế vị và trở thành An Đế, Tư Mã Đạo Tử trở thành người nhiếp chính.